.fb2 - открытый формат на основе XML. Невероятно удобен и функционален, а так же широко распространен и поддерживается практически любым устройством.
.pdf - документ для Adobe Acrobat. Прекрасно подходит для печати книг, а так же с легкостью поддерживается на многих e-ink ридерах.
